Методический совет МБОУ «ХЭЛ № 98» представляет собой два методических объединения:
1) Методическое объединения общеобразовательных предметов;
2) Методическое объединение профильных предметов.
Эти объединения являются коллективными общественными профессиональными органами, объединяющими на добровольной основе опытных педагогов с целью методического обеспечения образовательного процесса в лицее, управления инновационной деятельностью педагогического коллектива. Методические объединения являются организационными, консультационными и координирующими органами лицея по вопросам методического обеспечения образовательного процесса.